松山湖高新区地处粤港澳大湾区核心位置、东莞地理几何中心,坐落于“广深港”黄金腹地,南邻香港、深圳,北靠广州,是珠三角国家自主创新示范区重要成员、广深港澳科技创新走廊重要节点。
园区道路交通便捷,交通路网四通八达。距离广州、深圳机场两大国际航运枢纽均在1小时车程以内,距离澳门国际机场、香港国际机场均在2小时车程以内。
高速公路方面,莞深高速(G94)由南北方向穿过园区北部工业区,常虎高速(G9411)紧靠园区南部,莞番高速紧靠园区北部通过。园区周边共设有松山湖大朗站和石大路站(莞深高速)、松山湖站和大岭山站(常虎高速)、松山湖南站(龙大高速)5个高速出入口。
交通干道方面,园区内部及周边涵盖了G107莞长公路、S122石大公路、S357莞樟公路、S529东平大道、松山湖大道、生态园大道、东部快速、桑茶快速等交通干道。此外,环莞快速三期、松山湖科学城至光明科学城通道(东莞段)已动工。
城际轨道方面,广深铁路和莞惠城际均经过园区,其中:广深铁路穿过生态园片区,去往广深铁路东莞站约20分钟车程;莞惠城际在园区设有松山湖北站,目前已与佛莞城际、广佛南环、佛肇城际实现“四线贯通”运营,从松山湖北站至番禺站(广州南站)最快仅需48分钟。另外,佛穗莞城际、中轴城际、中南虎、深莞增城际等四条涉及松山湖的城际轨道线路正规划中。
城市轨道方面,在建的市域轨道R1线在松山湖设松山湖站和广东医科大学站,近期规划建设的市域轨道R3线在松山湖设松山湖北站、松山湖站、广东医科大学站、大学城站和金多港站。